協助新冠病毒研究:AMD助力“大內存”HPC集羣

新CPU發佈即大賣,新GPU展露曙光,AMD最近有點春風得意。如果説消費級市場已經逐漸趕超英特爾和NVIDIA,在高性能服務器及超算市場AMD也開始發力了,畢竟在這裏有着更高的利潤。近期位於加利福尼亞州的勞倫斯-利弗莫爾國家實驗室(LLNL)使用Epyc處理器安裝了一個新的高性能計算(HPC)集羣,這是一個特殊的定製產品,有着超乎尋常的"大內存 ",正在為今年的新冠病毒研究默默做貢獻。

HEXUS介紹 了這個被稱為Mammoth的集羣,這是由AMD、LLNL研究人員、Supermicro和Cornelis Networks合作設計的。特別值得注意的是,雖然這個集羣已經有足夠的運算處理能力,但它的重點是提供 "大內存 "計算能力。換句話説,它安裝的內存比人們對典型的HPC集羣的認知要大得多。

Mammoth使用了64台服務器,每台服務器配備了兩顆AMD Epyc CPU。每個Epyc CPU有64個核心,擁有128個線程。Mammoth總共有8192個處理器核心可用於計算(15384個線程),峯值性能為294TFLOPS。  在重點的內存配置方面,Mammoth集羣的每台服務器都裝了2TB的DRAM和4TB的非易失性內存,因此可用的總內存是128TB的DRAM,以及256TB的NVRAM。這就是強調的"大內存"。

LLNL的研究人員認為,Mammoth的特殊配置將提供它們所需的計算效率,這對數據密集型的COVID-19研究和大流行病響應等項目可以更好地去優化。它將同時用於 "基因組學分析、非傳統的HPC模擬和圖形分析,這些都是從事COVID-19研究的科學家們所需要的,包括抗病毒藥物和設計抗體的開發。

研究人員已經通過Mammoth嘗試分析SARS-CoV-2病毒的基因組,探究該病毒如何進化,並研究突變的可能性。參與該項目的科學家表示,這套系統可以將基因組分析所需的時間從幾天減少到幾個小時。這個新集羣其中一個具有價值是,Rosetta Flex軟件在其他HPC集羣上的內存限制為每個節點12或16個同時計算,但Mammoth可以在一個節點上同時處理128次Rosetta Flex計算。