除了輻射汙染難以清除的問題，還有位子在恆春斷層剪裂帶的問題，核三還面臨原始製造商經過多次轉手後已經不存在的問題。 而其中最驚人的，就是2001年3月18日所謂3A事件，那是台灣最接近核災的一刻。