捐贈者與受贈者的細胞都具有獨特的人類白血球抗原（Human Leukocyte Antigen，簡稱HLA）其有如門禁卡，可以幫助警察系統辨認該細胞是不是「自己人」。異體幹細胞移植（骨髓移植）前，都會檢測HLA。捐贈者與受贈者的完全相符，反排斥機會較低。現在因為藥物等的進步，HLA配對不合或半相合的捐贈者移植也可以執行且日益增多的，因此這類反排斥也日益增多。